章魚型謎樣生物已把月球破壞七成，並揚言在一年後將地球也破壞殆盡。正當毀滅地球時限逐漸逼近，這個謎樣生物竟主動提出要求，想擔任放牛班3年E班的班導師。受國家委託，E班學生接下暗殺謎樣生物「殺老師」的任務。潮田渚（山田涼介）等學生雖然困惑，但仍苦思各種方法，試圖暗殺殺老師…
