泊進之介與詩島霧子因接受調查異常現象的命令，來到「不可思議現象研究所」，幫助天空寺尊為奪回被上級眼魔偷取的幽靈眼魂而戰鬥。想不到結束後石碑竟引發蟲洞，將尊及進之介拉入時光洪流直至2005年，因兩人改變了原本該成為過去的歷史，卻造成十年後的現在本來被消滅的惡路程式再次大舉侵略。
