直枝理樹與青梅竹馬的朋友棗恭介、棗鈴、井之原真人、宮澤謙吾一起過著全寄宿制的高中生活。他們曾於小時候結成一個與惡勢力作鬥爭，號稱正義的使者的隊伍，名為「Little Busters」。半夜，回到教室去拿東西的理樹，遇見了一名拿著槍的神秘少女。為了送在逃走時所撿到的學生手冊，以此為契機，讓他是被捲進一場意想不到的戰鬥中...
