因為只對女性有反應、世界最強的超級兵器「Infinite Stratos(IS)」問世,性別平等被破壞,世界變成女尊男卑的社會。主角織斑一夏在高中的入學試驗意外地啟動IS。成為全世界關注的「世界上唯一能操縱IS的男性」,因此被強制就讀向來只有女性的IS學園,波瀾壯闊校園生活就此展開。